Фамилия Аполионис — редкий случай в русском ономастиконе, который почти наверняка имеет не славянское, а греческое или латинское происхождение. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, образованных суффиксами -ов, -ев или -ин, окончание -ис указывает на греческую модель. Такие фамилии обычно приносили в Россию выходцы из греческих земель (часто священники, монахи, преподаватели духовных семинарий или купцы) либо их русифицированные потомки.

Основа фамилии — имя Аполлоний (греч. Ἀπολλώνιος, лат. Apollonius). В античной и византийской традиции это имя означало «посвящённый Аполлону» или «принадлежащий Аполлону». В христианской среде имя Аполлоний носили несколько ранних святых и мучеников, поэтому оно встречалось в церковном календаре. В России, где греческие имена часто адаптировали под народное произношение (Аполлон, Аполлинарий), форма Аполлоний оставалась книжной, редкой.

Фамилия Аполионис, скорее всего, была образована не от крестильного имени в быту, а от фамильного прозвания по отцу: «сын Аполлония» по-гречески звучало бы как «Аполионис». То есть это не русская патронимическая модель (Иванов — сын Ивана), а прямая греческая, где окончание -ис выполняло ту же роль. Встречается также написание с одним «л» — Аполионис, что характерно для упрощения двойных согласных в русской передаче.

Географически фамилия могла закрепиться на юге Российской империи — в Новороссии, Крыму, Одессе, где были греческие колонии, а также в среде духовенства, которое часто получало фамилии по именам святых в грецизированной форме. Сословная принадлежность носителей, вероятно, была разнородной: от священников до мещан и купцов, но без дворянского герба, так как фамилия не имеет типично дворянского суффикса -ский.

Таким образом, Аполионис — не случайное искажение, а фамилия с ясной греческой словообразовательной логикой. Её носитель в прошлом почти наверняка был потомком человека, носившего имя Аполлоний, и сама фамилия прямо говорит о греческом или церковном корне семьи.