Фамилия Апонкеп — редкий случай в русском ономастиконе. С первого взгляда она кажется иноязычной, но при детальном разборе выясняется, что её происхождение, скорее всего, связано с территорией, где смешивались русские, финно-угорские и тюркские языки. В ней нет привычных русских суффиксов (-ов, -ин, -ский), что сразу указывает на позднее закрепление или на искусственное формирование в канцеляриях XIX века.

Наиболее вероятная версия — топонимическая. Основа «Апон» может восходить к названию реки или урочища, а «кеп» — к диалектному слову, означающему «холм», «бугор» или «возвышенность» (сравните с коми-пермяцким «кып» — «возвышенность», «холм»). В таком случае Апонкеп — это прозвище человека, который жил на холме у реки Апонь или в местности с похожим названием. Такие прозвища были характерны для северных и уральских регионов, где русские переселенцы соседствовали с финно-уграми.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — это искажённая запись иностранной фамилии. В метрических книгах XIX века нередко коверкали немецкие, польские или прибалтийские фамилии на слух. Например, исходная форма могла звучать как «Аппенкамп» (Appenkamp) — немецкая фамилия, образованная от названия местности (Appen + Kamp «поле»). При переписи или записи в ревизскую сказку её могли упростить до Апонкеп.

Третья, самая спорная гипотеза — что фамилия образована от личного имени или прозвища Апон, которое в некоторых говорах означало «обманщик», «хитрец» (от «апонить» — обманывать, водить за нос). Но тогда ожидался бы суффикс -ов (Апонов), а не глухой финал «-кеп». Поэтому эта версия слабая и поддерживается только единичными диалектными словарями.

География фамилии крайне узкая. По данным переписей и телефонных справочников, основная масса носителей Апонкеп встречается в Пермском крае и Кировской области, что косвенно подтверждает версию о финно-угорском субстрате. Сословно предки, скорее всего, были государственными крестьянами или однодворцами — фамилия не звучит как дворянская или купеческая.

Таким образом, фамилия Апонкеп — это, вероятно, «географическое» прозвище, закрепившееся за человеком из местности с названием, похожим на Апонь или Апонка, и означавшее «житель холма у реки». Она не имеет отношения к знаменитым историческим родам, но хранит память о малоизученных диалектах и топонимах русского Севера.