Фамилия Аптышев встречается нечасто, и её происхождение не лежит на поверхности. Вопреки возможному первому впечатлению, корень здесь, скорее всего, не тюркский (хотя фамилия и звучит по-восточному), а финно-угорский. Наиболее вероятная версия связывает её с марийским или удмуртским дохристианским именем Аптыш. В этих языках «аптыш» могло означать «утешение», «отрада» или быть производным от слова со значением «дед», «предок», то есть имя давали в честь старшего родственника. Таким образом, Аптышев — это буквально «сын Аптыша», потомок человека, носившего это личное имя.

Суффикс -ев указывает на русскую модель образования фамилий от основ на мягкий согласный или шипящий. Если бы имя звучало как Аптыш, то форма «Аптышев» закономерна: к основе на -ш прибавляется -ев. География фамилии это подтверждает: основная масса Аптышевых исторически зафиксирована не в степных или кавказских регионах, а в Поволжье, особенно в Кировской области и Республике Марий Эл. Это зона расселения марийцев и удмуртов, где в XIX веке активно шёл процесс русификации фамилий.

Версия о происхождении от тюркского слова «апты» (устаревшее «удивлённый», «изумлённый») менее убедительна. Такое прозвище могло бы закрепиться за человеком, но маловероятно, что оно породило бы именно фамилию с русским суффиксом на этой территории. Кроме того, тюркские антропонимы в Поволжье чаще давали формы на -ов (Аптынов, Аптаев), а не на -ев. Поэтому марийская версия выглядит и логичнее по словообразованию, и точнее по ареалу бытования.

Встречается вариант написания Оптышев — он связан с аканьем, когда безударное «о» произносится как «а», и при записи фамилии в документах могла возникнуть путаница. В целом, фамилия Аптышев — характерный пример того, как местное финно-угорское имя, попав в русскую официальную среду, обрело стандартную фамильную форму, сохранив при этом память о своих корнях.