Фамилия Аркерова — женская форма от Аркеров, а та почти наверняка восходит к тюркскому прозвищу или имени. В основе лежит слово «аркер» (или близкое «архар»), которое в тюркских языках означает «горный баран». У народов, занимавшихся скотоводством, прозвище Аркер мог получить либо человек, похожий на это животное — крепкий, выносливый или упрямый, — либо удачливый охотник на архаров.

Модель образования типична для русских фамилий, возникших в зоне активного русско-тюркского контакта. Суффикс -ов/-ев присоединился к основе «Аркер», а окончание -а указывает на принадлежность женщине. Такие фамилии массово фиксировались в XVI–XIX веках в Поволжье, на Урале и в Сибири, где русские крестьяне и казаки жили бок о бок с башкирами, татарами и казахами. Встречаются однокоренные фамилии Архаров, Аркеров — они из того же гнезда, но с разными вариациями записи тюркского звука.

Есть и менее вероятная версия: от русского диалектного глагола «аркерить» — «говорить громко, кричать» (в некоторых говорах Вологодчины). Тогда прозвище Аркер дали бы крикливому человеку. Но эта гипотеза слабее, потому что глагол редок, а тюркская основа встречается в фамилиях гораздо чаще и логичнее объясняет географию распространения.

По сословной принадлежности предки Аркеровых скорее всего были государственными или ясачными крестьянами, реже — казаками. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В XIX веке носители фамилии концентрировались в Оренбургской и Уфимской губерниях — это косвенно подтверждает тюркское происхождение основы.