Фамилия Арсение — одна из тех, что образована напрямую от полной формы крестильного имени, без уменьшительных суффиксов. В основе лежит имя Арсений, которое пришло на Русь вместе с христианством из Византии. Греческое «арсениос» означает «мужественный», «зрелый». Такое имя давали в честь нескольких святых, в том числе преподобного Арсения Великого, жившего в IV–V веках.

Модель образования здесь редкая и показательная. Фамилия Арсение — по сути, застывшая форма имени в именительном падеже. Это не типичная русская модель с суффиксами -ов, -ев или -ин, а скорее украинская или белорусская, где фамилии нередко совпадают с самим именем или прозвищем (сравните: Иван, Петро, Степан). В русской традиции такое встречается реже, но тоже возможно, особенно среди духовенства или в среде, где фамилии оформлялись поздно и прямо по имени главы семьи.

Поскольку фамилия не имеет патронимического суффикса, она указывает, что родоначальника звали Арсений, и он, скорее всего, был человеком заметным в своей общине. В XIV–XV веках, когда на украинских землях начали закрепляться фамилии, такую форму мог получить либо священник, либо представитель казацкой старшины или шляхты. Имя Арсений в те времена было менее распространено, чем, скажем, Иван или Василий, поэтому фамилия Арсение могла выделять носителя среди односельчан.

Безусловно, точное место и время возникновения конкретного рода Арсение требует отдельного генеалогического исследования. Но сама модель — от полного крестильного имени без изменений — говорит о том, что фамилия эта достаточно старая и сформировалась в среде, где имя собственное ещё не успело обрасти типичными славянскими суффиксами. Это делает её любопытным памятником ономастики, сохранившим исходный звуковой облик имени.