Фамилия Арсенис — редкий случай в русском ономастиконе. Её происхождение почти наверняка не русское, а греческое или латинское, и связана она с именем Арсений. В русской традиции фамилии на -ис почти не встречаются: типичные суффиксы — -ов, -ин, -ский. Окончание -ис выдает носителя, чьи предки могли быть выходцами из Греции, Молдавии или балканских земель, где такие формы (например, Арсенис, Павлис) обычны.

Основа фамилии — крестильное имя Арсений, которое в переводе с греческого «арсениос» означает «мужественный», «зрелый». В православных святцах это имя носил преподобный Арсений Великий, воспитатель императоров. Фамилия Арсенис, таким образом, — это не прозвище и не ремесло, а патроним, то есть указание на отца: «сын Арсения». Но в греческом языке патронимический суффикс -ис (или -идис) часто опускает промежуточные звенья, и фамилия могла закрепиться в усеченной форме.

Вероятно, в Россию фамилия попала с волнами греческой миграции — через духовные училища, торговлю или переселение греков из Османской империи. Встречается она крайне редко, в основном на юге России и в Причерноморье, где исторически были греческие общины. В русской среде фамилию могли «обрусить», добавив суффикс -ов (Арсенисов), но форма Арсенис сохранилась как маркер исходного языка.

С точки зрения словообразования, Арсенис стоит особняком: в русском языке нет продуктивной модели на -ис, поэтому фамилию не стоит путать с латышскими или литовскими фамилиями на -ис (вроде Берзиньш) — у них другая история. Здесь корень чисто греческий, и носитель фамилии почти наверняка происходит из семьи, где имя Арсений передавалось как родовое, а не как случайное прозвище.