Фамилия Арсеньян — случай, когда русское письмо зафиксировало иноязычную модель, и главное здесь не корень, а суффикс. Основа та же, что и у русской фамилии Арсеньев: крестильное имя Арсений (от греческого «арсениос» — мужественный) или его краткая форма Арсен. Но суффикс -ян меняет всё.

В армянской ономастике -ян (и его вариант -янц) — это аналог русских -ов/-ев и -ин: он указывает на происхождение от предка. Арсеньян буквально значит «из рода Арсения» или «потомок Арсения». Перед нами не патронимическая фамилия в русском смысле, а русифицированная запись армянской фамилии, которая в оригинале могла звучать как Арсенян или Арсенянц.

Массово такие фамилии попадали в документы Российской империи в XIX веке, когда армянское население включалось в общеимперскую систему учёта. Фамилию Арсеньян мог получить сын человека по имени Арсен или внук, желавший подчеркнуть связь с уважаемым предком-Арсением. Встречается она не повсеместно, а в регионах традиционного проживания армян: Закавказье, Краснодарский и Ставропольский края, Ростовская область, а также в армянских диаспорах крупных городов.

Любопытно, что суффикс -ян часто путают с русским -ин, но это разные вещи. В русском языке от имени Арсений образована фамилия Арсеньев — «Арсениев сын». Арсеньян же — «из рода Арсения» по-армянски. Разница в суффиксе принципиальна: если ваша фамилия Арсеньян, с высокой вероятностью ваши предки были армянами, а имя Арсений (Арсен) было родовым, переходившим из поколения в поколение.