Фамилия Асеинов — редкий случай, когда форма на -ов образована не от имени или прозвища, а от фамилии же, но с другим суффиксом. Исходная фамилия — Асеин, которая, в свою очередь, восходит к крестильному имени Осия (библейское имя, означающее «спасение»). В народном произношении начальное «О» нередко переходило в «А»: Осия — Асей, Асея. От этой обиходной формы и появилось отчество-фамилия Асеин («чей?» — сын Асеи). А уже от неё, по модели «сын Асеина», мог возникнуть Асеинов.

Такая двойная патронимическая цепочка — не редкость в русской антропонимии, особенно на юге России и в казачьих областях. Там фамилии на -ов и -ин нередко «наращивали» дополнительный суффиксальный элемент, чтобы подчеркнуть родство или уточнить принадлежность. Например, от фамилии Иванов легко получалась фамилия Иванинов. Асеинов — из того же ряда: сначала был Асей, потом его сын стал Асеин, а внук уже Асеинов.

Географически фамилия встречается крайне редко, преимущественно в центральных и южных регионах России. В дореволюционных переписях её почти нет, что говорит о позднем оформлении — скорее всего, в XIX веке, когда фамилии ещё не устоялись и крестьяне могли менять окончания по местной традиции. Искать прямую связь со знатными родами не приходится: Асеиновы — типичная крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде, где именование по отцу было главным идентификатором.

Интересно, что в некоторых говорах слово «асей» могло быть и прозвищем — от диалектного «асеить» (кричать, шуметь). Но эта версия слабее: церковное имя Осия даёт более прямую и объяснимую линию, а прозвищная основа для фамилии с таким редким суффиксальным наслоением маловероятна.