Фамилия Асеинов — редкий пример того, как в русской антропонимии одна фамилия «вырастает» из другой. Исходная форма здесь — Асеин, а та, в свою очередь, произошла от крестильного имени Осия (библейское, означает «спасение»). В народном произношении начальное «О» часто переходило в «А», отсюда обиходные формы Асей, Асея. От них и появилось отчество-фамилия Асеин («чей?» — сын Асеи). А уже от неё, по модели «сын Асеина», возник Асеинов.

Такая двойная патронимическая цепочка характерна для юга России и казачьих областей: там фамилии на -ов и -ин нередко «наращивали» дополнительный суффиксальный элемент, чтобы уточнить родство. Как от Иванова получался Иванинов, так от Асеина — Асеинов. Сначала был Асей, потом его сын стал Асеин, а внук уже Асеинов.

В дореволюционных переписях фамилия почти не встречается — это говорит о позднем оформлении, скорее всего, в XIX веке, когда крестьянские фамилии ещё не устоялись и варьировали окончания по местной традиции. Асеиновы — типичная крестьянская или мещанская фамилия, без связи со знатными родами, возникшая в среде, где именование по отцу было главным идентификатором.

Иногда встречается версия, что «асей» могло быть прозвищем от диалектного глагола «асеить» (кричать, шуметь). Но она слабее: церковное имя Осия даёт более прямую и объяснимую линию, а прозвищная основа для фамилии с таким редким суффиксальным наслоением маловероятна.