Фамилия Атаганова хранит память о происхождении своего первого носителя. В её основе лежит тюркское прозвище Атаган, которое восходит к названию монгольских племён, расселявшихся в XVII веке в устье реки Селенги. Само слово «атаган» (или «ятаган») означает «большой кривой турецкий кинжал, отточенный с одной стороны». Вероятно, такой кинжал был неизменной частью боевого снаряжения этих воинов. Прозвище Атаган давали человеку, который принадлежал этому племени — то есть указывало на этническую или родовую принадлежность, а не на внешность или ремесло.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Атаган добавили суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — Атаганов). Окончание -а в Атаганова — женская форма, которая в русской традиции закрепилась за женщинами, но сам род по мужской линии пишется как Атагановы. Фамилия эта редкая, и её география в основном связана с районами, где исторически кочевали или оседали монгольские и бурятские племена: Забайкалье, Бурятия, Иркутская область. Встречается она и у калмыков, что неудивительно — атаганы упоминаются в составе ойратских групп.

Интересная деталь: форма Атаганова (с ударением, скорее всего, на третьем слоге) — не единственный вариант бытования. В старых метрических книгах можно встретить написание Атагановъ, а в разговорной речи — Атаганыч как отчество. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Атаганов стоит в одном ряду с Ятагановым, но последний встречается ещё реже и, возможно, является фонетическим вариантом. Оба корня — от одного оружейного термина, но в случае с Атагановым связь с племенным названием выглядит более прямой и обоснованной.