Фамилия Атаганов происходит от тюркского прозвища Атаган, которое восходит к аналогичному нарицательному. Атаганами называли монгольские племена, расселявшиеся в XVII веке в устье реки Селенги. Название племен происходит от слова «атаган» или «ятаган» со значением «большой кривой турецкий кинжал, отточенный с одной стороны». Вероятно, такой кинжал был неизменной часть боевого снаряжения атаганов. Очевидно, прозвище Атаган давали человеку, который принадлежал этому племени. Таким образом, потомок человека, которого звали Атаган, со временем получил фамилию Атаганов.