Фамилия Атаганов образована от прозвища или родового имени Атаган. В основе лежит тюркское слово «атаган» или «ятаган» — так называют большой кривой кинжал, отточенный с одной стороны. Но связь с оружием здесь не прямая: Атаганами называли монгольские племена, которые в XVII веке расселялись в устье реки Селенги (на территории современной Бурятии). Скорее всего, кинжал был характерной деталью их снаряжения, и название закрепилось за всем народом.

Прозвище Атаган давали человеку, принадлежавшему к этому племени. Суффикс -ов в фамилии указывает на типичную русскую модель образования от тюркских основ: «чей?» — Атаганов, то есть сын или потомок Атагана. География фамилии тяготеет к регионам, где исторически селились бурятские и монгольские роды, — Забайкалью и Прибайкалью. Встречается она и у калмыков, что подтверждает её степное, кочевое происхождение.