Фамилия Атакулова — женская форма, её мужской вариант — Атакулов. В основе лежит тюркское составное мужское имя Атакул: «ата» (отец, предок, старший) и «кул» (раб, слуга, но в именах — «раб божий», «слуга Всевышнего»). Буквально оно означает «слуга отца» или «раб предка». В тюркской традиции такие имена-обереги давали, чтобы уберечь ребёнка от злых сил: называя сына «слугой», родители словно прятали его от недобрых духов.

Фамилию образовали по русской модели: к основе Атакул добавили типичный для тюркских фамилий суффикс -ов/-ев (в женском роде — -ова/-ева). Встречается вариант Атакулов с буквой «о» во втором слоге, но написание через «а» (Атакулов/Атакулова) фонетически точнее передаёт произношение исходного имени. Эта модель — «имя + -ов» — самая массовая среди фамилий народов Средней Азии и Поволжья, которые вошли в состав Российской империи в XIX — начале XX века. Фамилии давали по отцу, и Атакуловы — буквально «дети Атакула».

С точки зрения географии, фамилия чаще всего встречается у узбеков, киргизов, татар и башкир. В русских переписных книгах и ревизских сказках её фиксируют с конца XIX века, в основном в Оренбургской и Уфимской губерниях, а также в Туркестанском крае. Интересная деталь: суффикс -ов здесь не просто русифицирует имя, а встраивает его в стандартную патронимическую систему — в отличие, скажем, от башкирских или татарских фамилий на -ин (типа Атакулин), которые встречаются реже и указывают на другую региональную традицию. Носители фамилии — потомки людей, носивших имя Атакул: со временем оно закрепилось сначала как родовое прозвище, а затем и как фамилия.