Фамилия Атакузиев происходит от тюркского составного имени-пожелания Атакузи. Его основа складывается из двух частей: «ата» (отец, уважаемый старший) и «кузи» (баран, овца). В скотоводческих культурах Средней Азии такое имя давали ребёнку с надеждой, что он будет заботливым, как отец, и обретёт достаток в виде скота — главного мерила благополучия кочевников. Буквально имя означает «отец-пастух» или «отец-овца». Ономастика относит подобные имена к «скотоводческой» или «пастушеской» группе, отражающей хозяйственный уклад тюркских народов.

Русский патронимический суффикс -ев оформил фамилию при контактах с российской администрацией в XIX–XX веках. Атакузиев буквально значит «сын Атакузи» или «потомок Атакузи». Без этого суффикса фамилия могла бы звучать как Атакузи оглы, но именно русская модель закрепилась в документах. В отличие от многих русских фамилий на -ев, произошедших от профессий (кузнецов, плотников), Атакузиев сохраняет прямую связь с личным именем-прозвищем, несущим пожелание благополучия.

Географически фамилия распространена в Узбекистане, особенно в Хорезмской области и Каракалпакстане, а также среди каракалпаков и узбеков в соседних регионах Казахстана и Туркменистана. В России носители встречаются редко, в основном среди мигрантов из Средней Азии.