Фамилия Атакузиева образована по самой распространённой в тюркских языках модели — от мужского имени с помощью притяжательного суффикса -ев/-ова. В данном случае основа — составное имя Атакузи, которое состоит из двух тюркских корней: «ата» (отец, предок, старший) и «кузи» (от тюркского «коз» — глаз, взгляд, а также в переносном смысле — хранитель, оберегающий). Буквально имя Атакузи можно перевести как «отцовский глаз» или «глаз предка» — так называли ребёнка, которого считали защитником рода, продолжателем отцовского дела или просто долгожданным наследником, на которого возлагали большие надежды.

Фамилия Атакузиева — женская форма; мужской вариант — Атакузиев. По суффиксу -ев (а не -ов) можно предположить, что имя-основа оканчивалось на мягкий согласный или на -и: Атакузи — имя, которое не обрусело до твёрдого окончания, а сохранило тюркское звучание. Такая модель характерна для фамилий, возникших в среде, где русская паспортная система накладывалась на тюркские имена без их русификации — чаще всего это происходило в Средней Азии, особенно в Узбекистане, Таджикистане и на юге Казахстана.

Географически фамилия Атакузиева сегодня встречается прежде всего в Узбекистане и среди узбекской диаспоры. В России она редка, но фиксируется в регионах с традиционно сильным притоком мигрантов из Средней Азии. Ономастический словарь Б. Унбегауна не включает эту фамилию, что естественно: он охватывает преимущественно русские фамилии, а Атакузиева — яркий пример тюркской антропонимии, прошедшей через русскую паспортную форму.

Социально предки носителей фамилии были, скорее всего, оседлыми земледельцами или ремесленниками, а не кочевниками: имя Атакузи не встречается в родословных знатных родов и не связано с военной аристократией. Это имя-пожелание, которое давали в простых семьях, где ценили надёжность и связь поколений. Таким образом, фамилия Атакузиева несёт в себе не столько указание на профессию, сколько на семейную роль и надежду, которую возлагали на первого носителя имени.