Фамилия Атюшкин образована от прозвища или имени Атюшка. Исходное слово, скорее всего, связано с диалектным «атька» или «атя» — так в рязанских и тульских говорах называли отца (по словарю В. И. Даля). В этом случае прозвище Атюшка мог получить либо глава большого семейства, либо уважаемый, мудрый человек в округе. Эта версия кажется наиболее прямой и бытовой: прозвище, данное по родственной роли, легко закреплялось за человеком в качестве основного именования.

Есть и другие объяснения. Одно из них связывает фамилию с географическим названием — селом Атюша в бывшей Черниговской губернии (Кролевецкий уезд, при ручье Атюше). Предок Атюшкиных мог получить прозвище по месту жительства или родиться в этих краях. Топонимическая версия правдоподобна, но менее распространена для фамилий на -ин, которые чаще образуются от личных имён и прозвищ.

Третья гипотеза выводит Атюшку из уменьшительной формы крестильного имени Артемий (в переводе с древнегреческого — «посвящённый Артемиде»). Такое сокращение — Атя, Атюша — вполне в духе народной русской традиции. Какую бы версию ни взять, в основе фамилии лежит суффикс -ин, указывающий на принадлежность: Атюшкин — «сын Атюшки» или «человек из рода Атюшки». Фамилия редкая, её написание устойчиво, без вариантов вроде Атюшков, что тоже говорит о происхождении именно от личного имени или прозвища на -а.