Фамилия Авдеенко — типичный пример украинской модели образования фамилий с суффиксом -енко. В украинской ономастике этот суффикс, означающий «сын» или «потомок», стал одним из главных способов формирования фамилий уже в XV–XVII веках, особенно на Левобережной Украине и в Запорожье. Так что Авдеенко буквально — «сын Авдея».

В основе лежит крестильное имя Авдей (церковнославянская форма — Авдий). Оно пришло из древнееврейского, где означало «священнослужитель» или «раб Божий». В православных святцах почитают двух святых с этим именем: мученика Авдия, пострадавшего за веру в V веке (память 18 сентября), и ветхозаветного пророка Авдия, жившего за 700 лет до Рождества Христова (2 декабря). Поэтому имя было хорошо известно в народе, и от него охотно образовывали уменьшительные и производные формы.

Интересно, что полное имя Авдей в быту часто сокращали: на русском Севере, например, говорили Авде́йко, а в южных и украинских говорах — Авде́нко. Фамилия Авдеенко как раз и закрепила эту обиходную форму с суффиксом -енко, который со временем из отчества превратился в наследственную фамилию.

В отличие от русских фамилий на -ов (Авдеев), украинская модель на -енко указывает не на принадлежность отцу («чей сын?»), а на происхождение по роду («из рода Авдея»). Поэтому носители фамилии Авдеенко — это потомки человека по имени Авдей, который, вероятно, жил в тех краях, где фамилии на -енко были нормой: на территории современной Украины, а также в южных регионах России, куда переселялись запорожские казаки.