Фамилия Авдеенковы образована от личного имени Авдей (церковная форма — Авдий). В переводе с древнееврейского это имя означает «священнослужитель» или «раб Божий». Небесным покровителем имени считается мученик Авдий Персидский, пострадавший за веру в V веке в царствование царя Издигерда.

Словообразовательная модель фамилии указывает на её восточнославянское происхождение. Основа Авдеенк- — это украинская или белорусская форма имени Авдей с патронимическим суффиксом -енко, который в XVI–XVII веках был типичен для Поднепровья и Левобережной Украины. Такой суффикс указывал на сына или потомка человека по имени Авдей: буквально Авдеенко — «маленький Авдей», «сын Авдея». Фамилия же Авдеенковы — это уже русифицированная форма, где к украинской основе добавили типичный русский суффикс -ов, обозначающий принадлежность роду.

Таким образом, носители фамилии Авдеенковы — потомки человека, которого на родине звали Авдеенко. Фамилия прошла путь от украинского прозвания к русской фамильной форме, что нередко случалось при переселении семей в великорусские губернии или при записи в официальные документы. Говорить о точном месте и времени возникновения фамилии сложно, однако её основа ясно указывает на регион, где имя Авдей было распространено, — юго-западные земли бывшей Речи Посполитой.