Мужское крестильное имя Авдий в переводе с древнееврейского означает «священнослужитель». В основу фамилии легла уменьшительно-ласкательная форма этого имени — Авдюня. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Авдюня, со временем получил фамилию Авдюнин.