Фамилия Автина женская, а её мужская форма — Автин. В основе фамилии лежит просторечная, «домашняя» форма крестильного имени Евстихий (от греческого «эутихия» — счастье, удача). В южных акающих говорах имя прошло длинную цепочку изменений: Евстихий → Евстиха → Австиха → Автюха → Автюша → Автей → Автя. Так и появилось прозвище или обиходное имя Автя, от которого и образовалась фамилия.

Менее распространённая, но тоже правдоподобная версия — происхождение от имени Евтихий (Евтих). Оно того же греческого корня и означает «счастливый, преуспевающий». На Руси это имя давало множество народных форм: Овтух, Алтух, Автух, Антихий. Форма Авта вполне могла возникнуть из этого ряда в результате редукции гласных и упрощения звукосочетаний.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность. В древнерусской традиции это означало «чей?» — «сын Авти» или «дочь Авти». Такие фамилии обычно получали люди из простых сословий: крестьяне, посадские, служилые люди по прибору. Дворянские роды чаще оформлялись через -ов/-ев или -ский.

Святым покровителем имени Евтихий считается священномученик I века, ученик апостолов Иоанна Богослова и Павла. Он проповедовал вместе с апостолом Павлом в разных странах. Однако в быту имя использовали без оглядки на церковные каноны — сокращали и переделывали на свой лад, так что носитель фамилии Автина мог и не знать о греческом значении своего родового имени.

Фамилия фиксируется в исторических источниках. В Книге памяти Томской области записан Автин Александр Акимович, 1896 года рождения, уроженец города. Это не единственное упоминание: фамилия встречается в документах по Центральной России и Поволжью, что подтверждает её связь с акающими говорами.