Фамилия Автынюк — один из тех редких случаев, когда разбор начинается не с корня, а с суффикса. Перед нами типичная западноукраинская модель на -юк, которая образует фамилии от имени или прозвища отца. В украинской ономастике суффикс -юк (наряду с -ук, -чук) означает «сын» или «потомок», то есть Автынюк — это буквально «сын Автыня». Такой способ словообразования особенно распространён на Волыни, Подолье и в Галиции, где фамилии на -юк встречаются в разы чаще, чем в центральной или восточной Украине.

Основа фамилии — Автын. Это не случайное прозвище, а народная разговорная форма канонического имени Автоном (греч. Autonomos — «самозаконный», «независимый»). В украинском языке имя Автоном в бытовой речи стягивалось: Автоном → Автон → Автын. Суффикс -юк присоединился к этой усечённой основе. Таким образом, Автынюк — патронимическая фамилия, указывающая на то, что предок носителя был сыном человека по имени Автоном (в просторечии Автын).

Имя Автоном в православных святцах встречается, но массовым на Руси не было. Оно чаще бытовало в среде духовенства и крестьянства западных регионов, где греческие имена приживались через церковные книги. Поэтому фамилия Автынюк — довольно редкая, её носители почти наверняка имеют корни на западе Украины, в исторических областях Волыни или Подолья. Встречаются также варианты написания: Автонюк (от формы Автон) и даже Автынчук — с другим суффиксом, но той же основой.

С точки зрения социального контекста, фамилия на -юк в XIX веке была характерна в первую очередь для крестьян и казаков, реже — для мещан. Дворянских родов с таким окончанием почти не встречается. Так что предки Автынюков, скорее всего, были сельскими жителями, чью фамилию записали по отцу — по имени Автоном, которое в той местности звучало как Автын.