Фамилию Автынюк стоит разбирать с конца, а не с начала — с суффикса, а не с корня. Модель на -юк — это чисто западноукраинский способ сказать «чей?» или «сын кого?». В украинской ономастике суффиксы -юк, -ук, -чук работают как патронимические указатели: Автынюк означает «сын Автыня». Такое словообразование особенно плотно сидит на Волыни, Подолье и в Галиции, где фамилий на -юк в разы больше, чем в центральной или восточной Украине.

Основа фамилии — Автын. Это не случайное прозвище, а народная, бытовая версия церковного имени Автоном (греч. Autonomos — «самозаконный», «независимый»). В живой украинской речи полное имя стягивалось: Автоном → Автон → Автын. К этой усечённой форме и прирос суффикс -юк. Получается прямая патронимическая цепочка: предка звали Автоном (в просторечии Автын), а его сына записали как Автынюк.

Имя Автоном в православных святцах числится, но широкого хождения по всей Руси не имело. Оно встречалось в основном в среде духовенства и крестьянства западных областей, куда греческие имена попадали через церковные книги. Поэтому фамилия Автынюк — редкая, и её носители почти наверняка ведут род с запада Украины, из исторических областей Волыни или Подолья.

Встречаются варианты написания: Автонюк (от формы Автон) и Автынчук — с другим суффиксом, но той же самой основой. Социальный контекст тоже говорит о многом: фамилии на -юк в XIX веке были типичны для крестьян и казаков, редко — для мещан. Дворянских родов с таким окончанием практически нет. Значит, предки Автынюков — сельские жители, чью фамилию записали по отцу, по имени Автоном, которое в их местности звучало как Автын.