Фамилия Автоменко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XIX веках была распространена в Поднепровье, Слобожанщине и на юге России. Суффикс -енко в украинской ономастике традиционно означал «сын» или «потомок», поэтому Автоменко — это буквально «сын Автомона».

Основа фамилии — мужское имя Автомон. Это редкая народная форма канонического имени Автоном, которое происходит от греческого «аутономос» — «самозаконный», «независимый». В святцах имя Автоном встречается, но в быту его часто переиначивали: Автомон, Антомон, Антомин. Фамилии Автоменко, Автомонов, Автоманов — однокоренные, и все они восходят к этому имени.

Географически фамилия Автоменко тяготеет к восточным областям Украины и приграничным регионам России — Курской, Белгородской, Воронежской областям. Именно туда в XVIII–XIX веках переселялись казаки и крестьяне с Правобережья, неся с собой фамилии на -енко. В метрических книгах XIX века Автоменко встречаются в основном среди мещан и государственных крестьян — людей свободных, но не дворянского сословия.

Интересно, что в некоторых говорах имя Автоном могли произносить с ударением на второй слог — Авто́ном, что давало вариант Автономенко. Форма Автоменко с утратой второго «о» — результат редукции в живой речи. Так что фамилия фиксирует не только родство, но и особенности произношения в конкретной местности.

Встречается и ошибочное написание через «а» — Афтоменко, что связано с оглушением согласного перед глухим звуком. Но правильная этимологическая форма — с «в»: Автоменко, от Автомон.