Фамилия Айдагулов — один из тех случаев, когда основа не оставляет сомнений в тюркском происхождении, а вот точное значение стоит разобрать по частям. В основе лежит мужское имя Айдагул, которое складывается из двух тюркских корней: «ай» (луна, месяц) и «дагул» — диалектная форма слова «туган» или «тугъан», что значит «рождённый». В разных тюркских языках «дагъул» могло означать «родившийся», «появившийся на свет». Таким образом, имя Айдагул переводится как «рождённый при луне» или «лунный ребёнок». Встречается и вариант толкования, где «дагул» связывают с тюркским «дағ» (гора), но это менее вероятно: имя Айдагул в башкирской и татарской антропонимии фиксируется именно с «лунной» семантикой, а не с «горной».

Суффикс -ов в фамилии Айдагулов — классический русский патронимический формант, который приращивали к тюркским именам при оформлении фамилий в XIX — начале XX века. Он отвечает на вопрос «чей?» и означает «сын Айдагула». Модель образования простая: к основе на согласный добавили -ов, а не -ин, хотя в некоторых регионах (например, у татар) встречается и вариант Айдагулин — он образован по той же логике, но с другим суффиксом. Вариант с -ов закрепился в основном у башкир и части казанских татар, что даёт первую географическую привязку.

Географически фамилия Айдагулов наиболее плотно представлена в Башкортостане, а также в соседних Оренбургской и Челябинской областях. Это типичная фамилия для башкирского населения, реже — для татар. Встречается и в Казахстане, но реже, поскольку там патронимы чаще оформляли через -улы/-кызы, а не через русский суффикс. Социальный контекст: носители фамилии — в основном потомки крестьян-скотоводов или воинов-казаков. В башкирских родах имя Айдагул не было редким, его давали мальчикам, родившимся в ясную лунную ночь, что считалось добрым знаком.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Айдагулов стоит в одном ряду с Айдаровым (от имени Айдар — «лунный, почётный»), Айбулатовым (от Айбулат — «лунная сталь»), но отличается редким вторым корнем «дагул». Встречается также фамилия Айдагулова — женская форма, которая не меняет этимологии, но указывает на то, что фамилия склоняема и распространена в среде, где сохраняются родовые окончания. Споров о происхождении почти нет: тюркская основа очевидна, а русский суффикс — следствие исторического оформления фамилий в многонациональной Российской империи.