Фамилия Айдерханова — женская форма фамилии Айдерханов, и её происхождение напрямую связано с мужским личным именем. Основа здесь — тюркское составное имя Айдерхан (встречаются варианты Айдархан, Айдар-хан). Оно распадается на две части: «ай» (луна, месяц) и «дер/дар» (имеющий, обладающий) плюс титул «хан». В тюркской ономастике «ай» — частый компонент имён, символизирующий красоту, свет, редкость, почти божественное начало. Имя Айдер (Айдар) само по себе означает «луноподобный» или «обладающий луной», а добавление «хан» усиливает значение до «хан, подобный луне» или «сияющий хан». Встречается и другая трактовка: «ай» как «говорить» или «объяснять» в некоторых тюркских языках, но версия с «луной» считается основной.

Фамилия образована по русской патронимической модели через суффикс -ов, что указывает на принадлежность к роду: Айдерханов — потомок Айдерхана. Суффикс -а в женской форме (Айдерханова) стандартно указывает на то, что носительница — женщина из этого рода. Такая модель сложилась в XIX–XX веках, когда тюркские народы, входившие в состав Российской империи, получали фамилии по русскому образцу. Географически фамилия Айдерхановы наиболее характерна для татар, башкир, а также для народов Северного Кавказа, особенно кумыков и ногайцев, где имя Айдерхан (Айдархан) было распространённым.

Стоит отметить, что фамилия фиксируется и в среде крымских татар, где имя Айдер (Гайдар) — одно из традиционных. В целом, носитель фамилии Айдерханова с высокой вероятностью происходит из семьи, где предок носил почётное имя, подчёркивавшее знатное происхождение или уважение в обществе, так как компонент «хан» указывает на связь с правителями или военной верхушкой. Впрочем, со временем фамилия стала массовой и утратила сословную окраску, сохранив лишь этнокультурный корень.