Фамилия Аймуканов — редкая, и её разбор требует обращения к тюркским языкам, прежде всего к казахскому. В основе лежит составное мужское личное имя Аймукан, которое образовано от двух корней: «ай» (луна, месяц) и «мукан». Вторая часть — это вариант имени Мухаммед или Мухан, распространённый в казахской среде. Таким образом, имя Аймукан можно понять как «лунный Мухаммед» или «месяц Мухана» — типичная для кочевой культуры поэтическая метафора, где небесное светило добавляет имени сакральный или возвышенный оттенок.

Фамилия образована по русской патронимической модели с суффиксом -ов, который присоединялся к тюркским именам при оформлении документов в XIX — начале XX века. Аймуканов буквально означает «потомок Аймукана». Суффикс -ан в исходном имени характерен для казахской антропонимии: он часто встречается в именах, образованных от арабских или персидских основ (например, Бекмухан, Досмухан), и выполняет роль усилительной или ласкательной частицы.

Географически фамилия Аймуканов почти наверняка привязана к Казахстану, реже — к соседним регионам с казахским населением (Киргизия, юг Западной Сибири). Встречаемость крайне низкая, что говорит о локальном происхождении от одного рода или аула. В отличие от массовых фамилий вроде Ахметов или Смагулов, Аймуканов не получил широкого распространения — вероятно, род был немногочисленным, либо имя Аймукан вышло из активного употребления.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия интересна тем, что сохранила архаичный компонент «мукан» в форме, близкой к исходному арабскому имени, без редукции до «кан» (как в фамилии Айканов, если она от Айкан). Это указывает на то, что имя фиксировали в письменных источниках люди, знакомые с тюркской фонетикой, — возможно, сами казахи при переписи или волостные писари.

Единственная альтернативная версия — связь с топонимом Аймукан (гипотетическое название урочища или колодца), но она слаба: в казахской ономастике фамилии от названий мест без суффикса принадлежности (-ский, -лы) почти не образуются. Поэтому версия с личным именем остаётся основной и надёжной.