Фамилия Айсабек — редкий для России случай, когда фамилия образована не от русского, а от тюркского полного имени, причем без каких-либо фамильных суффиксов. В русской традиции фамилии на -ов, -ев, -ин, -ский образуют подавляющее большинство, но Айсабек стоит особняком: это прямая, неадаптированная запись личного имени, которое стало наследственным. Такая модель характерна для народов Кавказа, Средней Азии и отчасти для татар, где фамилии часто совпадают с именем отца или деда.

Основа фамилии — составное мужское имя Айсабек. Первая часть «Айса» — это арабское имя Иса (Иисус в исламской традиции), прошедшее через тюркскую фонетику. Вторая часть «бек» — тюркский титул, означающий «господин», «князь», «предводитель». В целом имя Айсабек можно перевести как «господин, подобный Исе» или «князь Иса». Это имя давали с пожеланием, чтобы мальчик обладал достоинством, благородством и, возможно, духовной чистотой, ассоциируемой с пророком Исой.

Географически фамилия Айсабек с высокой вероятностью указывает на казахское или киргизское происхождение. Именно в этих культурах составные имена с компонентом «бек» (Бекжан, Ербек, Айбек) и именами пророков (Айса, Муса, Юсуф) особенно распространены. Предок носителя фамилии, скорее всего, был заметным человеком в своей общине — не обязательно знатного рода, но уважаемым, возможно, старшиной или баем, раз его имя закрепилось как фамильное.

В русском языке фамилия Айсабек не склоняется, если принадлежит мужчине (Иван Айсабек, к Ивану Айсабеку), и не склоняется, если принадлежит женщине (Айгуль Айсабек, к Айгуль Айсабек). Это типичное поведение для фамилий, заканчивающихся на согласный и не имеющих русских суффиксов. Встречаются варианты написания Айсабеков, но это уже результат русификации — добавления суффикса -ов, что делает фамилию более привычной для русской бюрократии. Однако исходная, бесприставочная форма Айсабек — более древняя и точная.