Фамилия Айсабек — редкий для России случай, когда наследственное имя не обрастало типичными русскими суффиксами -ов, -ев или -ин. Она представляет собой прямую, неадаптированную запись полного тюркского мужского имени, которое и стало фамилией. Такая модель образования характерна для народов Кавказа, Средней Азии и отчасти для татар, где фамилии часто совпадают с именем отца или деда, минуя русификацию.

Основа фамилии — составное имя Айсабек. Первая часть «Айса» — это арабское имя Иса (пророк Иисус в исламской традиции), прошедшее через тюркскую фонетику. Вторая часть «бек» — древний тюркский титул, означающий «господин», «князь», «предводитель». Целое имя можно перевести как «господин, подобный Исе» или «князь Иса». Давая такое имя, родители желали мальчику достоинства, благородства и духовной чистоты, которые в исламской культуре связывают с пророком Исой.

Географически фамилия Айсабек с высокой вероятностью указывает на казахское или киргизское происхождение. Именно в этих культурах составные имена с компонентом «бек» (Бекжан, Ербек, Айбек) и именами пророков (Айса, Муса, Юсуф) особенно распространены. Предок, за которым закрепилось это имя как фамильное, скорее всего, был заметным человеком в своей общине — не обязательно знатного рода, но уважаемым старшиной или баем.

В русском языке фамилия Айсабек ведёт себя как типичная несклоняемая: для мужчины (Иван Айсабек, к Ивану Айсабеку) и для женщины (Айгуль Айсабек, к Айгуль Айсабек). Такое поведение свойственно фамилиям, заканчивающимся на согласный и лишённым русских суффиксов. Иногда встречается русифицированный вариант Айсабеков — с добавлением суффикса -ов, который делает фамилию привычнее для русской бюрократии. Однако исходная, бесприставочная форма Айсабек — более древняя и точная: она сохранила первоначальное звучание имени без поздней адаптации.