Фамилия Айтоян — армянская, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Типичное армянское окончание -ян (в старой транскрипции -янц) означает «из рода такого-то» или «принадлежащий». Это аналог русских -ов/-ев или грузинских -дзе/-швили. Основа Айт- восходит к личному имени или прозвищу.

Самая прямая версия: Айтоян — это вариант фамилии Айвазян (от «айваз» — «сокольничий», «ловчий», но в быту чаще «сокол»). Переход «в» в «т» в армянских диалектах встречается, особенно в западных говорах. Если это так, то предок носителя фамилии мог быть сокольничим, охотником с ловчей птицей или просто носил прозвище Сокол. Версия правдоподобна, поскольку фамилия Айвазян — одна из самых распространённых в Армении, а её диалектные «близнецы» (Айтоян, Айтян) встречаются реже, но логично объясняются.

Спорная, но возможная гипотеза: связь с тюркским словом «айт» — «сказание», «песня», «поговорка». В армяно-тюркском пограничье такое прозвище мог получить сказитель или певец. Однако эта версия слабее: суффикс -ян на тюркской основе для армянских фамилий нехарактерен, а имя Айваз встречается в армянских родословных куда чаще.

Географически фамилия Айтоян тяготеет к западным регионам исторической Армении и к армянской диаспоре — выходцам из Западной Армении (территория современной Турции). В России и в республиках Закавказья она редка. Социальный срез: как и большинство армянских фамилий на -ян, Айтоян не указывает на дворянство или крестьянство — это фамилия, закреплённая за родом вне зависимости от сословия. Точных данных о знаменитых носителях нет, но этимология ясна: перед нами фамилия, образованная от прозвища, связанного с птицей или охотой.