Фамилия Айзиксон — ашкеназская еврейская, а не русская. Её основа — мужское личное имя Айзик, восточноевропейская форма библейского Ицхака (Исаака). Суффикс «-сон» — типичный патронимический показатель, характерный для фамилий еврейского населения Восточной Европы, особенно на территориях Российской империи и Австро-Венгрии. Он означает «сын», то есть Айзиксон буквально — «сын Айзика».

Модель образования с «-сон» (а также «-зон», «-кин», «-вич») была особенно распространена среди евреев Литвы, Беларуси, Польши и Украины. Это отличает её от внешне похожих немецких фамилий на «-зон», где ударение обычно на первый слог. В русском языке ударение в фамилии Айзиксон чаще всего падает на первый слог — А́йзиксон.

Имя Айзик в еврейской среде было популярным, отсюда много однокоренных фамилий: Айзиков, Айзенберг, Айзенштадт. Но форма на «-сон» указывает, что фамилия закрепилась не как притяжательное прилагательное (как русские на «-ов»), а как прямая патронимическая конструкция. Предок, первым получивший такую фамилию, скорее всего, был сыном человека по имени Айзик, и это родство зафиксировали в официальных документах — например, при переписи населения или в метрической книге.

Сословно носители фамилии Айзиксон не принадлежали к дворянству или духовенству. Это были, как правило, мещане или купцы, жившие в местечках черты оседлости. Массового распространения фамилии в других социальных группах или регионах не зафиксировано. Встречаются варианты написания: Айзиксон, Айзикс, Айзикович, — но основная форма устойчива.