Фамилия Айзиксон — не русская по происхождению, а ашкеназская еврейская. Её основа — мужское личное имя Айзик, которое является восточноевропейской формой библейского имени Ицхак (Исаак). Суффикс «-сон» в данном случае — типичный патронимический показатель, характерный для фамилий, возникших в среде еврейского населения Восточной Европы, особенно на территориях, входивших в состав Российской империи и Австро-Венгрии. Он означает «сын», то есть Айзиксон — буквально «сын Айзика».

Модель образования фамилии с помощью «-сон» (а также «-зон», «-кин», «-вич») была особенно распространена среди евреев, живших в Литве, Беларуси, Польше и Украине. Это отличает её от немецких фамилий на «-зон» (где ударение обычно на первый слог), хотя внешне они похожи. В русском языке ударение в фамилии Айзиксон чаще всего падает на первый слог — А́йзиксон.

Имя Айзик в еврейской среде было очень популярным, поэтому однокоренных фамилий много: Айзиков, Айзенберг, Айзенштадт. Но именно форма на «-сон» указывает на то, что фамилия закрепилась не в виде притяжательного прилагательного (как русские на «-ов»), а как прямая патронимическая конструкция. Предок, первым получивший такую фамилию, скорее всего, был сыном человека по имени Айзик, и это родство зафиксировали в официальных документах — например, при переписи населения или при записи в метрическую книгу.

Сословно носители фамилии Айзиксон не принадлежали к дворянству или духовенству. Это были, как правило, мещане или купцы, жившие в местечках черты оседлости. Никаких сведений о массовом распространении фамилии в других социальных группах или регионах нет. Встречаются варианты написания: Айзиксон, Айзикс, Айзикович, — но основная форма устойчива.