Фамилия Бабарушкин — редкий случай, когда основа очевидна, а суффикс необычен. В отличие от типичных «Бабаев» или «Бабиных», здесь мы видим формант -ушк-, который в русских фамилиях встречается нечасто. Он характерен скорее для украинской или белорусской традиции (сравните: Грицук, Петрусь), но в русском языке этот суффикс чаще встречается в прозвищах и уменьшительных формах личных имён.

Корень «бабар» — почти наверняка вариант прозвища Бабай. В древнерусском языке «бабай» означало не только сказочное пугало для детей, но и старого деда, иногда — нелюдимого или ворчливого старика. В некоторых говорах так называли медведя-шатуна. Слово тюркского происхождения (сравните: турецкое baba — отец, дед), но в русских диалектах оно прижилось именно в значении «старик» или «леший». Таким образом, Бабарушка — это уменьшительно-ласкательная или пренебрежительная форма от Бабай, то есть «старичок» или «дедушка».

Фамилия могла возникнуть двумя путями. Первый: человека по прозвищу Бабарушка записали в перепись как Бабарушкин сын, то есть «сын Бабарушки». Второй: прозвище Бабарушка могло относиться к самому носителю (например, к молодому человеку, который вёл себя по-стариковски или рано поседел), и тогда фамилия образовалась напрямую: «чей? — Бабарушкин».

География фамилии узкая. Основные следы ведут в северные и центральные области России: Вологодчину, Костромскую и Нижегородскую губернии. В XIX веке Бабарушкины встречались преимущественно среди государственных крестьян, то есть лично свободных, но приписанных к казённым землям. Никакого отношения к «бабе» или «бабушке» фамилия не имеет — это чисто мужское прозвище, связанное с образом старого, опытного или ворчливого человека.

Единственная сложность — редкий суффикс -ушк- мог указывать на западнорусское влияние, но в данном случае он, скорее всего, возник на местной почве, как вариант народной этимологии. В документах XVII–XVIII веков встречаются формы «Бабарушков» и «Бабарушкин», что подтверждает колебания в написании, типичные для фамилий на -ушк-.