Фамилия Бабатова — женская форма фамилии Бабатов, которая образована от мужского личного имени Бабат. Это имя — редкий пример тюркско-кавказского словообразования: к тюркской основе Баб или Баба добавлен суффикс -т, который в осетинском языке указывает на множественное число. Имя Баб в переводе с тюркского означает «господин», «хозяин» или «богатырь», а в переносном смысле — «господь». Имя Баба переводится как «отец», «святой отец» или «отец общины». Таким образом, Бабат могло означать «господа» или «отцы» — либо как коллективное прозвище, либо как имя, данное ребёнку в честь предков.

Есть и вторая версия, которая связывает имя Бабат не с суффиксом множественного числа, а с названием древнего поселения Бабиат в Северной Осетии. Название этого села, в свою очередь, происходит от имени Баби (варианта имени Баба) и элемента -ат, который в осетинском обозначает «место». То есть Бабиат — «место жительства Бабы». Если это так, то именование Бабат могло быть прозвищем выходца из этого села, которое затем закрепилось как фамилия.

Фамилия Бабатова характерна для народов Кавказа, особенно для осетин, но встречается и у других этнических групп, испытавших тюркское влияние. Суффикс -ов/-ев в русском оформлении фамилии указывает на принадлежность: Бабатов — «сын Бабата» или «из рода Бабата». Из-за смешения тюркских и кавказских языковых элементов точное происхождение конкретной ветви рода можно установить только через генеалогическое исследование.