Фамилия Бабатов чаще всего происходит от мужского имени Баба. В персидском языке это слово означает «отец, батюшка». Однако корень у фамилии глубже, и её модель образования не так прямолинейна, как может показаться на первый взгляд.

Ключ к пониманию — суффикс -т-. В русском языке этот суффикс не характерен для образования имён, зато он распространён в некоторых кавказских языках, в частности в осетинском, где может указывать на множественное число или принадлежность. Скорее всего, имя Бабат, от которого и пошла фамилия, возникло в тюркской или кавказской среде. Исходные имена здесь — Баб (в переводе «господин, хозяин», «богатырь», а в переносном смысле «господь») или Баба («отец», «святой отец», «отец общины»). Добавление суффикса -т дало форму Бабат, которая и закрепилась как личное именование.

Существует и географическая привязка. Не исключено, что имя Бабат восходит к названию древнего поселения Бабиат в Северной Осетии. Название этого села образовано от имени собственного Баби (варианта имени Баба) и элемента -ат, который в осетинском языке имеет значение «место». То есть Бабиат — это «место жительства Бабы», а житель такого места мог получить прозвище Бабат.

В народной этимологии фамилию иногда связывают с русским словом «баба». Есть версия, что прозвище Бабат могло произойти от ласкательного «бабаня» (бабушка) — так могли называть воспитанника или любимца бабушки. В нижегородских говорах слово «бабан» означало «бабник», поэтому теоретически Бабатом могли прозвать любителя ухаживать за женщинами. Однако эти версии стоит считать ошибочными: структура фамилии (суффикс -ов) и её основа Бабат указывают на восточное, а не славянское происхождение.

Таким образом, фамилия Бабатов — это отчество, образованное с помощью русского суффикса -ов от восточного имени Бабат. Потомок человека по имени Бабат (или из селения Бабиат) со временем и получил эту фамилию.