Фамилия Бабоченко звучит как типичная украинская фамилия, и это действительно так: её выдает суффикс -енко, который в XVI–XVIII веках в Поднепровье означал «сын» или «потомок» (Бабоченко — буквально «сын Бабочки»). Но если думать, что в основе лежит насекомое, выйдет ошибка. В украинской ономастике «Бабочка» — это не бабочка-мотылек, а уменьшительная форма от имени Баба, которое в народе давали ребенку, родившемуся у женщины в зрелом возрасте, или просто как ласковое прозвище. Реже — от слова «баба» в значении «повитуха» или «знахарка», так что родоначальник мог быть сыном женщины, занимавшейся родовспоможением.

Есть и вторая, более бытовая версия: украинское «бабочка» означает также «бабушка» (диалектное). В этом случае прозвище Бабочка могли дать внуку, который жил с бабушкой или был похож на неё характером. Фамилия Бабоченко, как и её однокоренные Бабенко, Бабич, Бабко, распространена в центральных и восточных областях Украины, особенно в Черкасской и Полтавской губерниях, где суффикс -енко был основным способом образования фамилий у крестьян и казаков.

Интересная деталь: в русских говорах «бабочка» — это ещё и название птицы (трясогузки), но для фамилии Бабоченко это маловероятно. Фамилия не дворянская, не книжная — она вышла из сельской среды, где прозвище цеплялось к человеку по внешности, возрасту или семейному положению. В документах XVIII–XIX веков встречаются варианты с одной «б» (Боченко), но написание с «бабо-» закрепилось как основное, потому что ухо слышало в нём знакомое слово.