Фамилия Бабочков — один из тех случаев, когда прозрачная основа обманчива. Кажется, что всё ясно: бабочка. Но если копнуть глубше, выясняется, что в основе фамилии лежит не насекомое, а дохристианское личное имя или прозвище Бабочка. В старых русских говорах «бабочка» — это не только мотылёк, но и уменьшительно-ласкательная форма к имени Вавила (в просторечии — Бава, Баба, Бабочка). Вавила — древнееврейское имя, означающее «смешение» или «вавилонянин», но в крестьянской среде оно переосмыслилось и сократилось до привычного и даже ласкового прозвища.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов присоединялся к основе, чтобы указать на принадлежность. Бабочков — буквально «сын Бабочки». Здесь нет редкого суффикса или исключения, но есть одна деталь: ударение в фамилии плавает. Встречаются варианты с ударением на первый слог (Бáбочков) и на второй (Бабóчков). Первый вариант ближе к исходному прозвищу, второй — под влиянием ассоциации с насекомым. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) фамилия не фигурирует как частотная, что говорит о её локальном бытовании.

Географически Бабочковы чаще встречаются в центральных и южных регионах России — в Тамбовской, Воронежской, Рязанской областях. В этих краях имя Вавила было распространено, а прозвище Бабочка закрепилось за конкретным человеком, чьи потомки и стали Бабочковыми. Второй, менее вероятный вариант происхождения — от названия ремесла: «бабочник» в некоторых диалектах означало того, кто ловит бабочек (или, реже, делает бабочки для рыбалки). Но такая профессия была редкой и вряд ли дала фамилию с окончанием -ов.

Таким образом, предки современных Бабочковых с большой вероятностью носили имя или прозвище Бабочка, которое не имело отношения к насекомым, а было домашним, ласковым обращением к человеку по имени Вавила. Фамилия осталась скромной, без громких исторических сюжетов, но именно эта будничность и делает её типичной для русского крестьянского ономастикона.