Фамилия Бабукин образована по одной из самых распространённых русских моделей — с помощью суффикса принадлежности -ин. Он присоединялся к основе, оканчивающейся на -а или -я, и означал «чей?»: сын, внук или потомок человека, которого звали Бабука. Таким образом, Бабукин — буквально «потомок Бабуки».

Вопрос в том, что скрывается за этим прозвищем. Самая прямая версия — от слова «бабука», которое в русских говорах имело несколько значений. В одних регионах так называли болтуна, пустомелю, человека, который любит «бабки сказывать», то есть рассказывать байки, сказки или сплетни. В других диалектах «бабука» — это уменьшительно-ласкательное обращение к бабушке или к пожилой женщине. Но прозвище мог получить и мужчина — например, изнеженный, домашний, тот, кого воспитывала бабушка.

Есть и вторая, менее очевидная версия, которую приводят некоторые исследователи русских фамилий. В основе может лежать не прозвище, а мирское имя Бабука. В дохристианской Руси детей нередко называли по родственной связи: Дед, Баба, Дядька. Имя Бабука могло быть оберегом — считалось, что если назвать ребёнка в честь старшего родственника, он унаследует его долголетие и мудрость. В таком случае фамилия Бабукин означает не «потомок болтуна», а «потомок того, кого звали Бабука», и никакой отрицательной окраски в ней нет.

Географически фамилия редкая, встречается в основном в центральных областях России и в Поволжье. В дореволюционных переписях носители чаще всего числились крестьянами или мещанами — фамилия не дворянская и не купеческая. Сейчас её можно встретить и в городской среде, но численность носителей остаётся небольшой.

Интересная деталь: у фамилии Бабукин есть «двойники» — Бабуков, Бабухин, Бабушкин. Все они образованы от однокоренных основ, но суффиксы показывают разные модели: -ов типичен для основ на согласный, -ин — для основ на -а. Бабукин стоит в ряду тех фамилий, которые на слух звучат почти как ласкательные, хотя их корни уходят в суровую бытовую прозу деревенских прозвищ.