Фамилия Бабынин образована от прозвища Бабыня. Не исключено, что Бабыней могли прозвать сплетницу. Слово «баба» («бабыня») в русских и малороссийских говорах могло иметь и другие значения. В исторических документах упоминаются однокоренные фамилии: Бабкины, бояре, XV в., Новгород; Афанасий Бабкин, дьяк, 1546—1560 гг., Москва; другой род Бабкиных записан в Твери, отрасль рода Марка Демидова.