Фамилия Бабынин — типичный пример русской фамилии на -ин. Такая модель указывает на принадлежность: Бабынин — это «сын Бабыни» или человек из рода Бабыни. Суффикс -ин в русской ономастике присоединяется к основам на -а/-я, чем и объясняется форма, а не Бабынов.

В основе лежит прозвище Бабыня. В русских и малороссийских говорах слово «баба» имело несколько значений, и «бабыня» — одна из производных форм. Самое прямое объяснение: так могли назвать мужчину, который любил сплетничать, судачить, вести себя по-женски. Но есть и другая версия, более прозаичная: «бабой» в крестьянском быту называли не только женщину, но и особый вид рычага для подъема тяжестей, а также деревянную колоду или чурбан. Прозвище Бабыня мог получить плотник, работающий с таким инструментом, или просто коренастый, крепкий человек.

В исторических документах прослеживаются однокоренные фамилии. Известны Бабкины — бояре, упоминаемые в XV веке в Новгороде. Афанасий Бабкин служил дьяком в Москве при Иване Грозном (1546–1560 гг.). Еще одна ветвь Бабкиных записана в Твери и ведет начало от рода Марка Демидова. Фамилия Бабынин, вероятно, возникла в той же среде служилых людей или посадских, где прозвища давали по внешности или характеру, а не по профессии.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным областям России, где суффикс -ыня в прозвищах встречался чаще. Споров вокруг этимологии немного: версия с «болтливым человеком» остается основной, а плотницкая — дополнительной, но не менее правдоподобной.