Фамилия Бабыничев образована от топонима Бабыничи. Населенные пункты с таким названием широко распространены на территории России, Украины и Белоруссии. Наиболее древним является погост Бабыничи (ныне Бабинский), расположенный в Мурманской области в западной части озера Бабинской Имандры, недалеко от села Уполакши. Погост известен с 1608 года. Можно предположить, что основатель фамилии был уроженцем или жителем одного из населенных пунктов с названием Бабыничи. Согласно другой гипотезе, фамилия образована от прозвища Бабынич, в основу которого легло слово «баба» - «замужняя женщина низших сословий». Соответственно, такое прозвище мог получить сын крестьянки. Однако слово «баба» в русских и малороссийских говорах имело и другие значения. В этом случае прозвище Бабынич могло указывать либо на особенности места жительства предка (недалеко от кургана), либо на род его занятий (он мог быть печником). В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Бабынич, со временем получил фамилию Бабыничев.