Фамилия Бабыничева — редкий случай, когда женская форма на первый взгляд выглядит как исходная, хотя на деле это типичное притяжательное прилагательное с суффиксом -ев. Мужской вариант — Бабыничев. Основа здесь — слово «бабыня», которое в русских говорах имело два совершенно разных значения. Первое — ласкательное или ироничное обращение к женщине, иногда к бабушке. Второе, и куда более вероятное для фамилии, — название растения: в некоторых областях так называли кувшинку, водяную лилию, а в других — особый сорт грибов или даже крупную ягоду. Прозвище Бабыня могли дать человеку, который жил у заросшего кувшинками озера, торговал грибами или ягодами, а может, и просто обладателю мягкого, «бабьего» характера.

Суффикс -ичев указывает на происхождение от отчества, образованного от прозвища Бабыня: «чей сын?» — «Бабыничев». Такая модель (Бабыня → Бабыничев) встречается реже, чем стандартное Бабынин, что делает фамилию диалектной или локальной. Скорее всего, она закрепилась в северных или центральных губерниях России, где слово «бабыня» бытовало в речи. В официальных документах XIX века фамилия могла записываться через «а» — Бабаничев, так как безударная гласная в первом слоге часто путалась на слух.

Попытки связать фамилию с пренебрежительным «баба» (женщина) маловероятны: прозвища с уменьшительным суффиксом -ын/-ин обычно давали детям или подчинённым, а не взрослым мужчинам. Скорее всего, предок носителя фамилии был либо собирателем даров леса, либо жил у воды — и это отразилось в его мирском имени, которое через поколения превратилось в фамилию.