Фамилия Бабайева — женская форма от Бабаев, и её происхождение не такое однозначное, как может показаться на первый взгляд. Основа «бабай» в русских говорах имеет несколько значений, и ключ к разгадке — география. Если фамилия южнорусская или украинская, то «бабай» — это старик, дед, иногда с оттенком почтения или, наоборот, пренебрежения («старый бабай»). В таком случае прозвище Бабай могли дать взрослому, солидному мужчине или, наоборот, молодому, который вёл себя по-стариковски.

Но есть и тюркский след. «Бабай» в тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) — это тоже «дед», «старик», а также «отец». В Поволжье и на Урале, где русские фамилии нередко возникали на стыке культур, Бабаевы — частая фамилия у крещёных татар и башкир. Суффикс -ев указывает на русскую модель образования, но основа могла прийти из тюркского имени Бабай, которое давали ребёнку как оберег: считалось, что имя «старик» обманет злых духов и продлит жизнь.

Третья, более редкая версия — от диалектного глагола «бабаять» (говорить, болтать, иногда — кричать). В этом случае прозвище Бабай получал говорун или задира. Эта гипотеза слабее: глагол малоупотребителен, и документальных подтверждений для массового бытования фамилии недостаточно.

Самая правдоподобная версия для большинства носителей — прозвище или мирское имя Бабай, означавшее «дед», «старейшина». Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская: в списках однодворцев и государственных крестьян юга России Бабаевы встречаются часто. Женская форма Бабайева, как и все фамилии на -ева, закрепилась в паспортах в XX веке и указывает на принадлежность к роду Бабаевых.