Фамилия Бабукова — женская форма фамилии Бабуков, и её разбор стоит начать с мужского варианта, чтобы понять корень. Основа здесь — «бабук», а суффикс «-ов» указывает на типичную русскую модель образования от прозвища или имени, оканчивающегося на твёрдый согласный. Самое прямое объяснение: прозвище Бабук могли дать человеку, который постоянно упоминал бабушек, был к ним привязан или, наоборот, находился под их влиянием. Однако в русской ономастике такие «родственные» прозвища часто имели ироничный оттенок — так могли назвать излишне заботливого или капризного мужчину.

Есть и другая, более редкая версия, связанная с диалектами. В некоторых южнорусских и украинских говорах «бабук» или «бабука» означало «боровик» или «гриб-подберёзовик». В таком случае прозвище могло достаться грибнику или человеку с коренастой, плотной фигурой. Сравните с фамилиями Грибов, Боровиков — модель та же, но основа менее распространённая, что делает эту версию правдоподобной для конкретных регионов.

Словообразовательно фамилия проста: суффикс «-ов» (в женском роде «-ова») закрепился за основой «бабук», превратив прозвище в наследственное имя. Географически фамилия встречается нечасто, но её следы можно найти на Северном Кавказе и в Поволжье, где русские фамилии с такой основой могли смешиваться с тюркскими корнями — например, в некоторых тюркских языках «бабук» означает «дедушка» или «старейшина», что даёт ещё один, уже иноязычный, источник.

В целом, перед нами фамилия с прозрачной, но не единственной этимологией. Предки носителей фамилии Бабуковы могли быть либо людьми, получившими бытовое прозвище по родственной связи, либо выходцами из регионов, где «бабук» означал гриб, либо потомками тех, кого на русской земле прозвали по тюркскому слову. Точную версию без генеалогического исследования не установить, но все они укладываются в логику народного именования.