Фамилия Бабенка — редкий случай, когда словообразовательный суффикс говорит о происхождении больше, чем сама основа. В ней нет типичного для русских фамилий окончания -ов или -ин. Форма на -енка (с ударением на последний слог) — характерный признак украинской или белорусской модели фамилий, где этот суффикс выполнял роль уменьшительности или указывал на молодость. То есть Бабенка — это не «сын Бабы» (как было бы в русской фамилии Бабин), а скорее «маленькая баба», «молодая баба» или «парень, которого прозвали Бабой».

Основа «баб-» в восточнославянских прозвищах многозначна. Самое прямое — от слова «баба» в значении «женщина, крестьянка», но прозвище Баба давали не женщинам, а мужчинам. Чаще всего — за излишнюю мягкость, суетливость, любовь к сплетням или за то, что мужчина выполнял «бабью» работу по дому. В словаре Веселовского «Ономастикон» упоминаются прозвища Баба и Бабка у крестьян и служилых людей XVI–XVII веков — это была бытовая, неоскорбительная характеристика.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с глаголом «бабить» (принимать роды). В этом случае Бабенка могло быть прозвищем повитухи или мужчины-знахаря, помогавшего при родах. Однако суффикс -енка скорее указывает на молодой возраст или несерьёзность, так что версия с бытовым прозвищем выглядит убедительнее.

Географически фамилия тяготеет к юго-западным регионам бывшей Российской империи: её следы встречаются в Черниговской, Полтавской и Могилёвской губерниях. В современной России фамилия крайне редка и часто воспринимается как искажённая форма фамилии Бабенко — но это самостоятельная модель, у которой своя логика. Если предки носили фамилию Бабенка, они, скорее всего, происходили из среды украинского или белорусского крестьянства, а прозвище закрепилось за человеком с мягким, невоинственным нравом.