Фамилия Бабиненко построена по распространённой на востоке Украины модели. Суффикс -енко в XVI—XVIII веках был главным показателем «малого» или «сыновнего» происхождения: Бабиненко — буквально «маленький Бабин» или «сын Бабина». Но если бы всё было так просто, фамилия звучала бы как Бабенко. Вместо этого мы видим двойной суффикс: -ин- + -енко, что сразу указывает на конкретное лицо.

Основа здесь — не слово «баба» в бытовом смысле, а прозвище или мирское имя Бабина. В старину Бабиной могли назвать женщину (часто вдову или повитуху), а её дети получали уличное прозвище Бабины. Со временем закрепилась форма Бабиненко — «из рода Бабиных». Вторая версия, менее вероятная, но допустимая: Бабиненко могло образоваться от прозвища самого отца — Бабиня (человек, чем-то похожий на бабу, либо, наоборот, женоподобный мужчина). Однако в украинской антропонимии вариант с -ин-енко почти всегда отсылает к материнской линии: Бабиненко — это «сын той, кого звали Бабиной».

С географической точки зрения фамилия тяготеет к Полтавщине и Черкащине — регионам, где фамилии на -енко особенно плотны. В дореволюционных переписях Бабиненко встречаются в основном среди казаков и крестьян. Дворянской эта фамилия не была, хотя отдельные носители могли выслужить личное дворянство на военной службе в XIX веке.

Родственные фамилии — Бабин (русский вариант), Бабенко, Бабинец, Бабичев. Различие в суффиксе показывает, в какой среде и когда закрепилось прозвище: Бабиненко — типично украинская фамилия с указанием на конкретный род, а не на профессию или внешность.