Фамилия Бабукина — это женская форма фамилии Бабукин, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем Бабука. В основе лежит слово «бабука», которое в русских говорах имело несколько значений. Самое вероятное — ласковое или уменьшительное обращение к бабушке, старушке, либо же к пожилой женщине вообще. В некоторых диалектах «бабукой» могли называть повитуху, женщину, принимавшую роды. Есть и другая, менее распространённая версия: в ряде областей «бабукой» называли крупную бабочку или мотылька, что могло стать прозвищем для лёгкого, порхающего человека.

Фамилия образована по типичной восточнославянской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: Бабукин — сын или потомок Бабуки. Такие фамилии чаще всего возникали в северных и центральных губерниях России, где -ин был основным патронимическим суффиксом. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые преобладали на юге и востоке, -ин чаще присоединялся к основам, оканчивающимся на -а или -я.

Стоит обратить внимание на редкий вариант ударения: в некоторых семьях фамилию произносят как Бабу́кина, с ударением на второй слог, что может указывать на происхождение от глагола «бабу́кать» — ворчать, брюзжать. Однако общепринятое ударение падает на первый слог: Ба́букина. Эта фамилия не относится к числу распространённых, но встречается в разных регионах, особенно часто — в бывших владимирских и ярославских землях, где диалектные формы «бабука» были в ходу.

Социальный состав носителей фамилии был разнообразен: предки Бабукиных могли быть как крестьянами, так и мещанами. В документах XVIII–XIX веков упоминаются крестьяне Бабукины из Костромской губернии и купцы Бабукины из Вятки. Фамилия не получила дворянского статуса, поэтому её носители в основном относились к податным сословиям. Сегодня фамилия Бабукина — редкий, но живой след русской диалектной лексики, сохранивший в себе образ деревенской бабушки или ворчливого старика.