Фамилия Бабынина — женская форма от Бабынин, а та, в свою очередь, образована от прозвища Бабыня. Проще всего предположить, что так дразнили сплетника или мужчину, который любил посудачить, — слово «баба» в этом значении широко известно. Но в русских и малороссийских говорах «бабыня» могло означать и нечто иное: иногда так называли бабника, а в некоторых диалектах — просто изнеженного, домашнего мужика, который не гнушался «бабьей» работы.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Бабынин — сын Бабыни. Такая модель типична для северных и центральных областей России. В исторических документах встречаются однокоренные фамилии, например, Бабкины: бояре XV века из Новгорода, московский дьяк Афанасий Бабкин (середина XVI века), тверская ветвь того же рода. Прямых упоминаний о дворянском происхождении Бабыниных нет, но по словообразованию фамилия стоит в одном ряду с теми, что носили служилые люди.

Интересная деталь: в отличие от фамилий на -ов/-ев, которые доминируют в русском ономастиконе, форма на -ин чаще встречается в более архаичных пластах. Это косвенно говорит о том, что прозвище Бабыня могло закрепиться в крестьянской или посадской среде ещё в XVI–XVII веках. Сегодня фамилия Бабынина встречается нечасто, но её носители живут в разных регионах — от центральной России до Урала.