Фамилия Бабужьян — яркий пример армянской модели фамилии с суффиксом -ян. Этот суффикс (в исходной форме -янц) указывает на принадлежность к роду: Бабужьян означает «из рода Бабуш» или «потомок Бабуша». Основа фамилии — личное прозвище или уменьшительное имя Бабуш, которое в армянском языке образовано от слова «баб» (дед, старец) или от тюркского «баба» (отец, дед, уважаемый старик). Таким образом, прозвище могло означать «дедушка», «старейшина» или «почтенный человек».

В армянской ономастике фамилии на -ян — самые распространённые, они формировались в основном в XIX веке, когда закреплялись наследственные фамилии. До этого человека могли называть просто по имени отца или по прозвищу, и Бабужьян — как раз случай, когда в основу легло личное имя или прозвище, а не профессия или место. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, где суффикс указывает на отчество, армянский -ян прямо говорит о родовой принадлежности.

Поскольку фамилия редкая и не встречается в массовых базах данных, можно предположить, что её носители происходят из небольшой локальной группы — возможно, из западных областей исторической Армении или из армянской диаспоры, где фамилия сохранилась в исконном виде. В самой Армении фамилия Бабужьян тоже нечастотна, что говорит о её узком ареале.

Интересно, что в русском языке фамилия могла бы быть переосмыслена по созвучию со словом «бабушка», но это случайное совпадение: армянский корень «баб» не имеет отношения к русскому «баба» в значении «женщина». Скорее, это параллель к тюркским именам типа Бабаян, где «баба» — уважительное обращение к старшему мужчине.