Фамилия Бадельниковы образована от прозвища Бадельник. Скорее всего, в его основу легло слово «бадилля», которое в украинском языке означает «ботва, стебель». Родственное слово badyl со схожим значением «стебель, зелень, овощи» встречается у поляков. Вполне вероятно, что прозвище Бадельник закрепилось за высоким, стройным человеком — по аналогии с тонким стеблем.

Есть и другая версия: прозвище могло быть фонетическим вариантом слова «бодельник», которое произошло от глагола «бодать». В этом случае Бадельником называли вспыльчивого или драчливого человека. Обе гипотезы опираются на живые диалектные корни, но первая — «растительная» — выглядит более естественной для славянской системы прозвищ, где внешность описывали через сравнения с природой.

Третья, менее распространённая версия связывает прозвище с географическим названием — молдавским озером Бадельник. Если человек был выходцем оттуда, его могли прозвать по месту жительства. Такая модель тоже типична для восточнославянских фамилий, но в случае Бадельниковых это лишь предположение без подтверждённой локализации.

Суффикс -ник в основе Бадельник указывает на носителя признака или действия: так образовывали названия людей по занятию, свойству или предмету. Фамилия закрепилась в форме притяжательного прилагательного на -ов, что характерно для русских родовых имён, сложившихся в XVI–XVII веках. Окончание -ы (Бадельниковы) указывает на множественное число, то есть на семейную династию или целый род.

Точное место и время возникновения фамилии без генеалогических изысканий не установить. Однако ясно, что её основа — живое прозвище, а не книжное или церковное имя, что говорит о крестьянской или посадской среде, где такие именования были особенно распространены.