Фамилия Бадунец — редкий пример, когда прозвище сохранилось в почти неизменной форме, минуя стандартные суффиксы принадлежности (-ов, -ин). Её основа — белорусское слово «бадун», то есть бодливый бык или баран. В переносном смысле так называли человека с крутым нравом: упрямого, своенравного, настойчивого, готового идти напролом.

Суффикс -ец указывает на носителя признака. В восточнославянской ономастике он встречается реже, чем -ов или -ин, и обычно закреплялся за прозвищами, а не за крестильными именами. Бадунец — буквально «тот, кто бадун», то есть человек, за которым закрепилась характеристика бодливого животного.

Не исключено, что прозвище относилось и к роду занятий: так могли прозвать пастуха или хозяина стада, у которого водился особенно бодливый бык или баран. Возможно, прозвище закрепилось за человеком, который прославился умением управляться с таким скотом или, напротив, сам отличался неуступчивым поведением в спорах и ссорах.

Фамилия тяготеет к западному региону расселения — к белорусско-украинскому пограничью, где слово «бадун» было в ходу в местных говорах. В русских фамильных системах встречается редко, что подтверждает её диалектное происхождение. В документах XIX — начала XX века фамилия Бадунец фиксируется преимущественно среди крестьян и мещан Гродненской, Минской и Волынской губерний.

Однокоренных фамилий мало: Бадун, Бадунов, Бадуненко. Все они восходят к тому же корню, но различаются по модели образования. Бадунец стоит особняком — прозвище здесь не перешло в отчество, а осталось в исходной, почти прозрачной для носителя языка форме.