Фамилия Бафаев — яркий пример того, как русская словообразовательная модель наложилась на нерусскую основу. Строится она по классической патронимической схеме: к основе Бафай добавляется русский суффикс принадлежности -ев, указывающий на «сына» или «потомка» человека по имени Бафай. Встречается и написание Бафаев — с ударением на втором слоге, что типично для фамилий, образованных от трёхсложных имён.

Самая вероятная версия происхождения основы — от мужского имени Бафай, которое является фонетической адаптацией арабского имени Баха (Бахауддин) — «красота», «великолепие», «блеск» или «краса веры». В тюркских языках, особенно у татар, башкир и народов Северного Кавказа, звук «х» часто переходил в «ф», а финальный -й — распространённый тюркский способ русификации имён. Таким образом, Бафаев — это «внук» или «потомок» Бахауддина.

Регионально фамилия тяготеет к Поволжью, Предуралью и Северному Кавказу. Встречается она преимущественно у татар, башкир и некоторых народов Дагестана (например, у кумыков), что подтверждает её тюрко-мусульманские корни. В русских документах фамилия фиксируется с XIX века, когда крестьяне и горожане из нерусских губерний получали фамилии по отцу при переписях и рекрутских наборах.

Менее вероятная, но возможная версия — от прозвища Бафай, которое могло возникнуть из диалектного глагола «бафать» (хлопать, шлёпать, издавать глухой звук) или от тюркского «бафа» — «неуклюжий», «мешковатый». Однако в пользу имени говорит массовость модели: фамилий, образованных от прозвищ, в этом ареале значительно меньше, чем от имён.

Сословно Бафаевы — почти всегда крестьяне или мещане. Дворянских родов с такой фамилией в Российской империи не зафиксировано. Сегодня фамилия остаётся относительно редкой, но устойчиво бытует в Татарстане, Башкортостане и Челябинской области.