Фамилия Багнина — яркий пример того, как редкая модель образования может рассказать о происхождении больше, чем очевидный корень. Она образована по схеме, которая встречается нечасто: основа + суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?»). В данном случае основа — «Багн», а не «Багн(а)», как могло бы показаться. Это значит, что фамилия произошла не от женского имени, а от мужского прозвища или имени Багня.

Корень «багн-» в русских говорах имеет два основных значения. Первое — диалектное «багно» (или «багна»), то есть топь, болото, вязкое место. В этом случае прозвище Багня могли дать человеку, жившему у болота, или тому, кто вяз в разговоре, был медлительным. Второе значение — от слова «багровый», «багряный»: так могли прозвать человека с красным, румяным лицом, либо мастера, работавшего с красной краской или тканью. Оба варианта правдоподобны, но первый (болотистый) встречается в северных и северо-западных говорах несколько чаще.

Сама фамилия — редкая. Её география невелика: следы носителей встречаются в основном на Русском Севере (Архангельская область, Карелия) и в Поволжье. Это косвенно подтверждает версию с болотом — для северных регионов «багно» слово более характерно. Родственные фамилии — Багнов, Багнев, Багрин — встречаются чаще, но Багнина сохранила исходную форму прозвища с окончанием -я, что делает её более архаичной.

По социальному составу предки Багниных, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Дворянских родов с такой фамилией нет. Важно не путать её с фамилией Багрина (от «багряный» или «багрить»), хотя корни близки. В некоторых говорах «багня» — это ещё и название рыбацкой снасти, но это значение настолько локально, что его можно считать маловероятной, но возможной версией для семей, живших у больших рек.