Фамилия Баиндурова принадлежит к распространённому типу русских фамилий, образованных от полных форм прозвищ или имен с помощью суффикса -ов. Суффикс указывает на принадлежность: Баиндуров — сын Баиндура. Основа фамилии — мужское личное имя или прозвище Баиндур.

Самая вероятная версия происхождения — тюркская. Имя Баиндур (варианты: Баяндур, Баиндыр) состоит из двух частей: «бай» (богатый, знатный, господин) и «дур» (стой, стоять). В буквальном переводе с тюркских языков (особенно с огузской группы) это можно понять как «богатый стой» или «знатный стой», что, скорее всего, было прозвищем состоятельного или влиятельного человека, который мог позволить себе не кланяться, а стоять прямо. В тюркской ономастике известно родоплеменное название баяндыр — одно из огузских племен, упоминаемое в средневековых хрониках. Таким образом, предок носителя фамилии мог происходить из этого племени или получить прозвище по внешнему сходству с его представителями.

Менее вероятна, но возможна связь с кавказскими языками, где «баин» может означать «богатый» или «господин» в некоторых диалектах, хотя тюркская этимология выглядит убедительнее из-за широкого распространения модели «бай + глагол» в тюркских именах.

Географически фамилия Баиндурова встречается преимущественно в регионах, где исторически был силен тюркский субстрат: в Поволжье, на Южном Урале, в Западной Сибири, а также среди казанских татар и башкир. В русской среде фамилия закрепилась через крещеных татар или башкир, либо через казачьи общины, активно контактировавшие с тюркскими народами.

Фамилия редкая, что говорит о её локальном происхождении. Носители, вероятно, происходят из одного корня, и фамилия не успела широко разойтись по стране. В дореволюционных метрических книгах она могла записываться с вариантами: Баяндуров, Баиндыров, а женская форма Баиндурова встречается в основном в документах XIX—XX веков.