Фамилия Бакалинский — один из тех случаев, когда географический суффикс (-ский) указывает не на дворянское поместье, а на происхождение от прозвища, которое успело побывать в нескольких языках. В основе лежит прозвище Бакал, а оно, в свою очередь, восходит к арабскому слову «баккал» — продавец съестных припасов. Путь слова в русский язык был долгим: из арабского оно перешло в турецкий, оттуда в болгарский, где бакал означало «торговец едой», а уже из болгарского попало к народам России. Именно это арабское слово дало и привычное нам название продуктового отдела — бакалея.

Суффикс -ский в фамилиях обычно прикреплялся к географическому названию (например, от названия села Бакалы), но в случае с Бакалинским первично именно прозвище. Модель образования проста: к основе Бакал добавили притяжательный суффикс -ин (Бакалин — «сын Бакала»), а затем оформили через -ский, что часто делали на Украине, в Белоруссии и в южных русских землях, придавая фамилии «благородное» звучание. Так Бакалин мог превратиться в Бакалинского — как указание на принадлежность к роду человека по прозвищу Бакал.

Есть и вторая, менее вероятная версия. На Урале словом «бакал» называли мусульманина, принявшего православие. Если принять эту гипотезу, прозвище носило не профессиональный, а конфессиональный оттенок, фиксируя переход в другую веру. Однако лингвистическая цепочка через арабский и тюркские языки выглядит убедительнее: слово «баккал» как «торговец» зафиксировано в словарях восточных заимствований, а уральское значение, скорее всего, является вторичным — так могли пренебрежительно называть торговцев-инородцев.

Изначально прозвище Бакал, присоединённое к наследственному имени, со временем полностью вытеснило его в быту и документах. Фамилия Бакалинский — это не указание на конкретное село, а знак того, что предок носителя был либо мелким торговцем съестным, либо, по более спорной версии, человеком, сменившим религию на Урале. В обоих случаях фамилия — редкий пример того, как арабское слово через турецкое и болгарское посредничество закрепилось в русском ономастиконе.