Фамилия Бакалу — редкая для России, и её происхождение почти наверняка связано с неславянскими языками. Скорее всего, это румынская или молдавская фамилия (Bacalu), и в таком случае её носители — потомки выходцев из исторических областей Молдавии или Валахии, которые в разное время переселялись на юг Российской империи, в Бессарабию или на Кубань.

Основа фамилии — прозвище или имя Бакал. В румынском языке слово bacău (или bacal) имеет несколько значений. Самое вероятное — «купец», «торговец», особенно мелкий торговец или коробейник, который ходил по деревням. Второй вариант — «козёл», «баран» (в переносном смысле — упрямец). Третья, менее распространённая версия, отсылает к названию румынского города Бакэу (Bacău) — тогда фамилия могла указывать на выходца из этого города.

Суффикс -у в окончании — типичный для молдавско-румынских фамилий (сравните: Карауш, Греку, Кожокару). Он выполняет роль артикля или указания на принадлежность, но в фамилиях закрепился как маркер происхождения. Таким образом, Бакалу — это «сын Бакала» или просто «тот, кто Бакал».

В русском контексте фамилия не получила распространения и осталась локальной. Встретить её можно в основном на юге России, в Краснодарском крае, Ростовской области, а также в Приднестровье и Молдавии. Если предки носителя фамилии жили в Российской империи, они с высокой вероятностью были крестьянами или мещанами из молдавских или украинских сёл.

Спорных версий немного: иногда предполагают тюркское происхождение от слова «бакла» (мера сыпучих тел), но это маловероятно — фонетически форма Бакалу для тюркских языков нетипична.