Фамилия Бакалягин образована от прозвища Бакаляга. Если разобрать её по составу, то основа — Бакаляг-, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Бакаляги. Такая модель типична для русских фамилий, но сама основа не славянская, а заимствованная.

Прозвище Бакаляга восходит к арабскому слову «баккал» — «продавец съестных припасов». Из арабского слово перешло в турецкий, оттуда — в болгарский, где бакал значит «торговец едой». Из болгарского оно проникло в языки народов России. От этого же корня происходит и привычное нам слово «бакалея» — название продуктового отдела. Так что предок носителя фамилии Бакалягин, скорее всего, торговал съестными припасами, был лавочником или мелким купцом.

Есть и другая версия, менее вероятная. На Урале словом «бакал» называли мусульманина, принявшего православие. Если следовать этой гипотезе, прозвище Бакаляга могло отражать не род занятий, а вероисповедальный или этнический переход. Но лингвистически версия с торговлей выглядит убедительнее: слово «бакал» в значении «новокрещеный» локально и узко, тогда как «бакалея» и «бакал» в значении «торговец» известны по всей территории расселения русских.

Фамилия Бакалягин не относится к числу распространённых. Она редкая, и её география, скорее всего, связана с южными и центральными губерниями России, где были сильны торговые связи с Балканами и Турцией. Суффикс -ин указывает на то, что фамилия закрепилась в среде, где преобладала «семейная» модель именования (в отличие от «служилой» на -ов/-ев).